La misión institucional de la JAC consiste en ejercer la dirección superior de la aviación civil en Chile. Esto implica fijar las grandes directrices del quehacer aeronáutico y administrar la política aérea, impulsando políticas de apertura en el tráfico aéreo entre Chile y otros países, y promoviendo el desarrollo del transporte aéreo comercial nacional e internacional a fin de propender a la mayor cantidad de servicios aéreos de la mejor calidad, eficiencia y al menor precio.